可以用EVC开发程序,不过从你需求上说,Windows与CE下都能跑,那只能开发.net framework 精简框架集下的程序了(不过要注意,相关代码最好和硬件平台无关)。
VS2005/VS2008 都可以,需要注意的是,如果用MFC开发,定制Windows CE5.0系统时要有MFC相关的库,同样开发.net框架程序需要有对应版本的框架集支持。