Você pode fazer isso com praticamente qualquer linguagem
Como você faria isso?
Ideia:
1) Pega o processo do windows:
2) Tira um print screen do aplicativo
3) Na print screen você pode ler os pixels da imagem, então você consegue saber qual a cor de um pixel exato.
Para cada item você pode pesquisar o código separado, por exemplo, tirar um print screen do aplicativo: https://stackoverflow.com/questions/891345/get-a-screenshot-of-a-specific-application
Ai com o Bitmap em memória você pode ler a cor do pixel que quiser
