Olá amigo,
Para o seu problema tanto o SQL Lite quanto o SQL Mobile iram atender as necessidades sem nenhum problemas, sem dizer que se estiver usando uma versão mais nova do SQL Server CE vc já está usando o SQL Mobile 
Atenciosamente,
Flávio Secchieri Mariotti
Analista de Sistemas
http://fsmworlddotnet.blogspot.com