Marcos, na verdade sua dúvida é bem abrangente.
Mas no msdn.com, você vai ver uma área de arquitetura, e tem muitas recomendações especificamente para ASP.Net com web farms.
Basicamente, tirando de memória, o principal a considerar é como lidar com armazenamento de estado e segurança.
Por exemplo, se você armazena variáveis de session, ou vai ter que usar afinidade de IP, ou então um servidor de estado, que pode até mesmo ser o sql server. Utilizando um servidor de estado, você vai ter que considerar que você só pode armazenar objetos serializáveis.
Quanto a segurança, tem que avaliar que tipo de autenticação você quer usar e se ela precisará atravessar domínios diferentes.
Bom, mas essa minha resposta está muito simplista, sugiro você dar uma navegada lá na sessão de arquitetura onde você vai encontrar mais detalhes.
