Olá Leandro,
Você terá problema com os objetos do AD (Computadores, Contas de usuários etc), pois eles será diferentes. Todo objeto tem um SID e mesmo que tenha o nome igual, não terá o mesmo identificador.
O Correto seria você ter um backup e efetuar um restore do seu controlador de domínio.
Veja http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc782127%28v=ws.10%29.aspx
Atenciosamente,
Thiago O de Paula