Pablicio,
Você quer deixar o servidor com esse collate? Ou é só as databases?
Se for as databases, você pode setar durante a criação delas.
Se for para o servidor, tente esta alternativa, que é fazer um rebuild da master, isso é usando o instalador do SQL:
start /wait <DVD Drive>\setup.exe /qn INSTANCENAME=MSSQLSERVER REINSTALL=SQL_Engine REBUILDDATABASE=1 SAPWD=<NewStrongPassword> SQLCOLLATION=<NewSystemCollation>
Detalhe importantíssimo, mesmo mudando o collate do servidor, as databases que já estiverem com um collate errado, ficarão com ele!! Terás que alterar um por um!!
Abraço