Bom pessoal, gostaria de agradecer a aqueles que lerem esta duvida.
Depois de muita pesquisa, cheguei a seguinte conclusão:
O Nhibernate não é compativel com .NET Compact Framework.
Quanto ao SQL CE, achei alguns materiais que ensinam como configurar para o Nhibernate, mas somente para Aplicativos Desktops.
Obrigado a todos.
Hugo Laércio