Diego, depende muito de como esta estruturado a arquitetura da sua aplicação.
Quando trabalho com MVC eu utilizo uma camada de Rules (um Libery Project) para encapsular as regras de negócio maiores, e tenho esse problema que você relatou por falta de permissão em algumas partes do IIS.
Já chegou a ver se o IIS não te da alguma dica?
Fábio Kiatkowski Engenheiro de Software