Ao em vez de limpar os dados, excluir a linhas diretamente.
Private Sub CommandButton1_Click()
pergunta = MsgBox("Deseja realmente limpar todos os dados da Planilha?", vbYesNo)
If pergunta = vbYes Then
Sheets("Plan1").Select
Celulas = Array("A2:F5000")
For i = 0 To UBound(Celulas)
Range(Celulas(i)).ClearContents
Next i
End If
End Sub