Luciano,
O ambiente onde o Team Build está instalado não tem nada haver com o ambiente de produção onde a sua aplicação vai rodar. Você pode até mesmo rodar o Team Build em um Windows XP com SP2. Os requisitos do Team Build são os mesmos do Visual Studio.
Para fazer o que você quer, basta você ir no configuration manager da sua aplicação e selecionar a platafroma como x64. Com isso o seu team build, não importa se está rodando no XP, Vista 32, Vista 64, 2003 ou 2008 irá gerar os binários para a plataforma x64.
Com os binários x64 em mãos, aí sim você poderá rodar a App num ambiente x64.
Abraços
André Dias