Ola Guilherme, com relação a cookies, vc pode usar normalmente, sem maiores problemas. Muito embora, eu recomendo usar o Isolated Storage do Silverlight, é muito mais robusto, e não tem limites de armazenamento, vc pode armazenar quantos gigas voce quiser, e o melhor é que vc pode armazenar qualquer coisa, pode armazenar uma classe, um xml, jpg, video..., etc...
vou te passar um link que tem diversos links com dicas sobre silverlight, entre as dicas tem informações de como usar cookies e tambem como usar o Isolated Storage.
dicas sobre silverlight http://emersonti.blogspot.com/2010/01/dicas-e-truques-silverlight.html
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Emerson Andrade de Souza