Marcelo,
o WSDL.exe gera o arquivo de descrição do web service (extensão .wsdl), e não a DLL. No .NET 2.0, o modelo de compilação do ASP.NET 2.0 mudou. Ao contrário do que acontecia com o Visual Studio 2003, não é mais gerada uma DLL por projeto. Agora, o padrão é enviar os fontes para o servidor.
Se você quiser que o Visual Studio 2005 trabalhe como o VS 2003, ou seja, gerando uma DLL, você terá que instalar o add-in Web Application Project. Infelizmente, ele não funciona no Web Developer Express.
Você ainda pode pré-compilar seu projeto, mas será gerada uma DLL para cada página.
Veja mais informações na thread abaixo:
http://forums.microsoft.com/MSDN-BR/ShowPost.aspx?PostID=1227214&SiteID=21
Ricardo Oneda
http://oneda.mvps.org/blog