Resource Files são uma ótima saida pra vc, mas eu nao sei como irá ficar, ja que, como são embedded (embutidos), e vc está usando obfuscator, pode ser que o proprio obfuscator também prejudique o formato inicial
do arquivo de resource, e o programa não consiga mais ler o que está escrito nele.
Bom, faça um pequeno programa de teste, use o obfuscator neste programa, e tente ler alguma coisa do resource file internamente (algum evento de botão) só pra ver se irá ou não irá prejudicar a leitura do resource
file
2 links sobre resource files
Reader
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.resources.resourcereader.aspx
Writer
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.resources.resourcewriter.aspx
Agora, vc consegue buscar informação de um resource file (que geralmente fica dentro da pasta properties) da seguinte maneira
Namespace.Properties.Resources.NomeDaEntrada; (retorna string)
Namespace.Properties.Resources.NomeDoArquivoEmCasoDeImagens; (retorna Image)
Ficou facil agora, porém, teste pra ver se o obfuscator não irá prejudicar a leitura disso
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[]s