Olá Rafael,
Existe como manipular o agendador de tarefas do windows usando linha de comando...
O Link abaixo tem o que você precisa!!!
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc772785%28v=ws.10%29.aspx
Abraço!!!
Um exemplo:
schtasks /create /tn TaskName /tr TaskRun /sc minute [/mo {1 - 1439}] [/st HH:MM] [/sd StartDate] [/ed EndDate] [{/et HH:MM | /du HHHH:MM} [/k]] [/it] [/ru {[Domain\]User [/rp Password] | System}] [/s Computer [/u [Domain\]User [/p Password]]]