Jceoms,
Para cada nova instância SQL, deve ser utilizada uma porta.
Veja na imagem abaixo, duas instâncias SQL configuradas no mesmo servidor:

Se ajudou na sua solução, não esqueça de marcar como resposta !
Abraços,
Durval Ramos
Microsoft Partner | MTA | MCSA - SQL Server 2012 | MCSE - Data Platform
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