Paulo,
O .NET Compact Framework, por ser uma plataforma virtual, é portável.
Contudo, é preciso dispor desta plataforma virtual para outros sistemas operacionais. O framework da Microsoft roda apenas no Windows Mobile. Mas é possível encontrar iniciativas para outras plataformas.
A RedFiveLabs, por exemplo, vende um produto que suporta o .NET Compact Framework 1.1 no sistema operacional Symbian OS. Não conheço outras implementações, mas vale a pena vc fazer uma pesquisa em cima disto.
Saudações,
Eduardo