Não entendi realmente qual sua dúvida, pois até agora tudo que disse está ok.
Você gera os controles em tempo de execução, há casos que somente assim funciona, podem haver regras que implicam na exibição de certos controles.
A questão é, você precisa informar um NOME sugestivo a esses controles criados, assim você poderá identifica-los posteriormente. Você fez isso?
Se fez, para obter o valor dele é apenas necessário chama-lo pelo nome, da mesma maneira que faz com controles criados antes.
Se explica melhor, podemos montar um cenário aqui para exemplificar isso!
O que acha?
Me dê mais informações do que deseja fazer, e também onde está sua dúvida.
Pois até o momento não entendi o que realmente você não consegue fazer!
É ajudando os outros que nos ajudamos...