Pessoal, só compartilhando um problema que tive recentemente tentando publicar uma app mvc2.
No ambiente do vs2010 rodava legal, sem nenhum problema, quando gerava o deploy, gerava o erro acima.
Observando vários e vários posts, o pessoal sempre informava que era só limpar os temporários, fechar e abrir o vs2010, etc, etc...
E nada funcionava.
Depois de vários testes, teve um que funcionou, rodar o msbuild e o aspnet_compiler no prompt de comando.
Fui na pasta que indiquei no aspnet_compiler, peguei o conteúdo lá e publiquei no servidor. (percebi que no bin, haviam dll's a mais que o web deployment gerava)
MSBUILD (C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319)
msbuild projeto.sln /t:Rebuild /p:Configuration=Release
ASPNET_COMPILER -V /Nome_do_projeto -P [caminho_completo_projeto] [pasta_destino]
Espero que ajude.
ps: Procurei no vs2010, mas ainda não achei uma opção que gere algo similar.
