Wander,
Se vc separar em outra aplicação, terá que administrar 2 sites, na prática. O que vc pode fazer neste caso então, é criar um diretório virtual dentro do site principal, deixando lá a aplicação de administração.
Agora vc precisa avaliar também quem irá administrar o sistema. Se alguma das funcionalidades de administração forem acessadas por usuários de negócios, certamente estes irão preferir que tudo fique no mesmo site (para não ter que acessar um segundo endereço
e realizar algum tipo de atividade a partir deste).
Espero ter ajudado.
Abs