Ricardo, boa tarde,
O problema de ter sempre demandas de alterações nos diferentes sistemas existirá mesmo trabalhando com um único arquivo ou com vários arquivos! Isso é inerente ao gerenciamento do projeto.
Eu só te aconselharia a gerenciar tudo em um único arquivo se os diversos sistemas formassem um programa de projeto, mas, pelo o que entendi, não é este o caso.
O que você deve fazer, independentemente, se usará um arquivo ou vários é criar um único arquivo de recursos e compartilhá-lo com os diversos arquivos de sistemas diferentes. Desta forma, você terá um gerenciamento dos recursos mais efetivo no ambiente de gerenciamento de projetos.
Ok?
Um grande abraço.
Luiz Natividade