Na verdade você precisa fazer com que a sua aplicacão Asp, Inicie um EXE? Que coleta uma digital e retorne o valor para a aplicação Web certo?
Isso eu nao sei se é possivel, Mas acredito que nem seja necessário usar uma aplicação Desktop para se ler uma Digital, Você consegue fazer isto em ASP msm da uma pesquisada.
Agora daria para fazer o seguinte, voce pega a digital com a aplicação Windows Form salva num banco de dados, e na aplicação ASP você simplesmente le esta informação do Banco, este é um método de integrar aplicações, Outro método seria por arquivo XML mas
daria muito mais trabalho.