Bom dia Dêividy Alcântara,
A outra opção além das que você citou (Wine, PlayOnLinux) seria recriar a sua aplicação voltada para a plataforma em questão. Quanto a sua outra pergunta, depende muito do que você vai desenvolver. Não há como dizer que você deve usar um ou outro.
Eu sugiro que leia estes artigo abaixo:
Compatibility of .NET Framework 4.5
Microsoft .NET Framework 3.5
Version Compatibility in the .NET Framework
Espero ter ajudado.
Atenciosamente
Marcos Roberto de Souza Junior
Esse conteúdo e fornecido sem garantias de qualquer tipo, seja expressa ou implícita
MSDN Community Support
Por favor, lembre-se de Marcar como Resposta as respostas que resolveram o seu problema. Essa e uma maneira comum de reconhecer aqueles que o ajudaram e fazer com que seja mais fácil para os outros visitantes encontrarem a resolução
mais tarde.
