Bom dia!
Não estou a ver a conseguires logo obter isso sem usar alguns truques!
Eu usaria um hiddenfield para armazenar o valor, ou seja no aspx metes um:
<asp:HiddenField id="HiddenField1" runat="server" />
e depois no codebehind:
ClientScript.RegisterStartupScript(GetType(), "alerta", "<SCRIPT LANGUAGE='javascript'>var
x = confirm('Press a button?');document.getElementById('" + HiddenField1.ClientID + "').value = x;</script>")
Depois disso no codebehind acedes ao valor que esta no hiddenfield normalmente:
string result = HiddenField1.Text;
Não testei, mas pelo menos a logica deve ser esta!