Olá, para inciar você deve ter o Visual Studio 2005 instalado em sua maquina, a partir dele aparecerá tipos de projeto "Pocket PC". :)
Aí basta instalar as SDKs que você quer.
Tem formas de instalar no 2008 também e já ví colegas meus que conseguiram no 2010, mas no 2005 vai sem a necessidade de nenhuma gambiarra.
