Bom Dia Vinicius.
Até onde sei é possível sim fazer um programa em C# para o Raspberry PI 3.
Compartilho contigo 2 artigos que podem te auxiliar neste procedimento.
Get Started with Windows 10 IoT Core
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/iot-core/getstarted
Deploying an App with Visual Studio
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/iot-core/develop-your-app/appdeployment
Internet das Coisas - Trabalhando com o Raspberry Pi e o Windows 10
https://msdn.microsoft.com/pt-br/magazine/mt808503.aspx
Espero ter ajudado.