Você pode criar uma configuração e salva-la.
using System.IO.IsolatedStorage;
private IsolatedStorageSettings setting = IsolatedStorageSettings.ApplicationSettings;
Para ler a configuração use:
if (setting.Contains("chave"))
{
checkBox.IsChecked = setting["chave"];
}
Para gravar você pode usar os eventos Checked e Unchecked do checkbox:
if setting.Contains("chave")
{
setting["chave"] = checkBox.IsChecked;
}
else if (!setting.Contains("chave")
{
setting.Add("chave", checkBox.IsChecked);
setting.Save();
}