Elton,
O SharePoint dividi isso em páginas do site e páginas de aplicação, onde para cada uma delas vc pode selecionar uma master page diferente no próprio site. Vá na opção que vc usa para mudar a master page e na opção de application master, deixe a padrão do
SharePoint.
Atenciosamente,
Fabian André Gehrke
MCITP e MCPD SharePoint 2010
http://fabiangehrke.com.br