AGA,
Da uma olhada no blog do Carlos, o material de EF é muito extenso, pode ser que em algum deles você encontre o que precisa: http://carloscds.net/
Eu acho que é bem provável que você terá de utilizar o Migrations para chegar ao resultado que você espera: http://blog.oneunicorn.com/2013/05/28/database-initializer-and-migrations-seed-methods/
Migrations que o Carlos também fala no seu site.
http://stackoverflow.com/questions/13939404/generate-full-sql-script-from-ef-5-code-first-migrations
http://stackoverflow.com/questions/10466041/how-can-i-generate-ddl-scripts-from-entity-framework-4-3-code-first-model
http://www.crazytechguys.com/2012/08/25/entity-framework-code-first-e-migrations/
Cara da uma olha no migrations no site do Carlos, se não me engano ele fala sobre isso.
É que agora não me recordo, mas é algo do migration que você digita no seu Package Manager Console e ele gera um script de DB para você só executar no banco.
É mole mole.
Espero que ajude.
Abraço.