Pensando pelo lado da segurança acho que um subdomínio, porém para subir um painel administrativo você vai ter que desvincular todo o administrativo do sistema principal, seria como um site a parte. Caso você adote um subdiretório o recomendado é só deixar
um nome bem ímpar para o subdiretório, ao invés de 'admin', 'administrativo', 'painel' e etc.
Juan Nogueira
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