Olá,
Para mostrar arquietura costumo utilizar o MindManager da MindJet.
Em questão de protótipos, o Visio tem alguns modelos ou quando é mais simples, faço um wireframe ou no photoshop ou no corel.. enfim, mesclo ferramentas.
As vezes até faço o site mesmo com layout basico e mostro os prints.
Ivan Costa http://www.blogsdeti.com.br @ivannw
