Tem vários por aí na NET..tudo depende de quanto você quer gastar. EU uso o InstallShield, que é de longe o melhor, mas tem algumas alternativas shareware disponíveis.
Note que o VS consegue te gerar o CAB que você pode usar para instalar o programa direto no device, mas ele não gera o programa Windows que copia o CAB para o device....uma falha no meu ponto de vista.
