Dalila,
é mais questão de gosto pessoal... tem gente que não gosta de misturar o código servidor com o HTML, já outros não vêem problema nisso (outras tecnologias, como PHP e Ruby On Rails fazem issso também). O que o autor do artigo que você indicou critica é que o code-behind poderia "incentivar" o desenvolvedor a desenvolver no MVC como ele faz hoje no WebForm. Bem, isso realmente é um problema, mas a "culpa" não é do code-behind em si mas do desenvolvedor...
Ricardo Onedahttp://oneda.mvps.org/blog