Js_junior,
Uma alternativa seria criar um script PowerShell que leria todas as pastas e permissões, carregaria o conteúdo no SharePoint e depois faria o permissionamento no SharePoint.
Seria um script bem interessante, quando tiver ele pronto posta aqui :)
Atenciosamente,
Fabian André Gehrke
MCITP e MCPD SharePoint 2010
http://fabiangehrke.com.br