Rodrigo,
Não faço a menor idéia do que é o seu problema, mas tenho alguns palpites:
1) Certifique-se de o projeto a ser executado está marcado para isso: "Set as Startup Project"
2) Nesse projeto, entre em Properties e certifique-se de que o tipo do projeto esteja correto: Windows Application
3) Certifique-se de que o framework do projeto está configurado na versão correta (Client Profile x Full Framework)
Veja se isso tem algum sentido e depois nos diga.
Abraço
HJ