Fellipe,
Não dá pra afirmar com certeza porque não conhecemos sua empresa e suas necessidades profundamente, mas olhando para o lado que você só tem um database, eu não acho que compensa comprar uma licença do SQL Server só pra isso.
O SQLAzure tem diversas opções/planos, dependendo do tamanho do seu database, das necessidades de recursos (quantidade de Iops, etc), geo-replicação e por aí vai.
Vale a pena dar uma estudada no assunto e lembre-se que caso opte pelo Azure, existem algumas limitações e talvez isso não te atenda já que as customizações no Protheus são limitadas.
A Microsoft disponibiliza contas gratuitas para testes. Dê uma olhada no material:
https://azure.microsoft.com/pt-br/?wt.mc_id=BR_ABG_EM_PD_SEM_GWT.srch=1&WT.mc_ID=SEM_eFBXpS5g
Ah! Sem contar que toda a parte de administração de hardware não é mais problema seu. A MIcrosoft cuida de tudo. Você tem que apenas se preocupar com a sua aplicação, mas backups, discos, memória... tudo é com a MIcrosoft.
Outra grande vantagem é você poder disponibilizar mais ou menos recursos de máquina de acordo com a necessidade. Exemplo: se seu sistema é mais utilizado das 15 hs as 18 hs, você pode, todos os dias, fazer a "máquina" ficar maior somente nesse horário
e depois voltar ao dimensionamento anterior.
Isso fará com que você pague mais caro apenas durante essas horas que utilizar.
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