Cara,
Faça um loop e dentro do mesmo recupere o controle CheckBox com o FindControl,
caso necessário procure mais sobre isso.
Um exemplo:
for(i=0; i<MinhaGrid.Rows.Count; i++)
{
CheckBox chkMeuCheck = (CheckBox)MinhaGrid.Rows[i].FindControl("MeuIddoCheck")
if(chkMeuCheck.Checkd)
{
....
}
}
Atenciosamente, Samuel dos Anjos