Caro amigo,
O ideal é que sua tabela não tenha relação física mesmo com as tabelas do membership. Você pode estabelecer uma união lógica usando o email do usuário da tabela membership com a sua, pois em geral
o email é usado como um dado distinto do usuário.
Agora para manipular os usuários nas tabelas de membership, você que usar as apis do membership. Por exemplo, para criar um usuário, você poderá usar o método Membership.CreateUser. Veja maiores detalhes em:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ff648345.aspx
A saber, este livro (http://p2p.wrox.com/book-professional-asp-net-2-0-security-membership-role-management-isbn-978-0-7645-9698-8-241/)
é A referencia para o uso de Membership e Roles em asp.net.
Espero ter ajudado!
HJ
