Não entendi onde vocÇe quer usar o array, mas para criar os Mask voce pode fazer assim:
MaskEditBox nova = new MaskEditBox();
nova.top = 50;
nova.left = 100;
//configura todas as propriedades que voce quiser
//se vc quiser adicionar ela direto no form
form1.Controls.Add(nova);
//se vc quiser adicionar dentro de um panel
panel1.Controls.Add(nova);
//Ai voce pode adaptar esse comandos dentro do seu algoritmo