Então Leonardo, eu já fiz dessa forma, criando um projeto para a instalação. Realmente, assim é possível definir o local da instalação. Acontece que a necessidade que tenho é a seguinte: tenho uma aplicação feita em vb6, que irá fazer chamadas de novos recursos,
que são de aplicações feitas em C#. Nesse programa, tem uma função que verifica se o executável da aplicação C# que deve ser aberta, se encontra numa determinada pasta. Se existir, será a executada. Caso contrário, será direcionado a um local num servidor
ftp, que é onde é feita a publicação. O problema disso tudo é que como você disse, o ClickOnce tem limitações, e não permite que seja definido um local para o exe. Você sabe se é possível fazer isso com Setup and Deployment ?
Agradeço desde já!