Caro Marcos,
O Application Center será descontinuado, já que parte de suas funcionalidades estão presentes no Windows 2003 e serão incorporadas plenamente pelo Longhorn Server.
Não conheço nenhuma ferramenta recente que realize todas as funções, mas certamente é possível fazer todo o processo com scripts, o que é uma solução bastante comum.
[]s,
Azuma
