Takeo,
Qual a versão do Visual Studio? Eu me lembro de ter problemas com o auto hide nas versões beta do VS 2005 e dos Express, nas versões finais eu não tive este problema. Você faz o auto hide das janelas clicando no pin que tem ao lado do botão de fechar a janela, ou selecionando a janela e indo até o menu Windows->Auto Hide.
Abraços,
Francisco
OK, Computer - http://thespoke.net/blogs/fbcjunior/default.aspx