Olá;
Se voce colocar uma variavel de ambiente no programa.exe.config
voce pode recuperar o path e executar assim:
app.config do seu projeto:
<appSettings>
<add key="pathcompleto_executavel" value="x:\executaveis\programa.exe"/>
...
</appSettings>
classe.cs
string source = System.Configuration.ConfigurationManager.AppSettings["pathcompleto_executavel"];
System.Diagnostics.Process.Start(source);
Não sei se entendi direito seu problema;
voce tem um programa que chama outro? se sim, veja se te ajuda;
Att;