se nao me engano, engenharia da computacao mexe mais na parte do hardware, circuitos, etc...
engenharia de software, tem mais a ver com sistemas da informacao, ciencia da computacao. pois esta voltado com a parte de software..
diferenciando os dois cursos, voce escolhe se quer a parte logica ou fisica da coisa. boa sorte na escolha!
ps: como sou formado em analise de sistemas, eu preferiria a engenharia de software