Se a versão dos componentes que estão utilizando forem iguais (C#, ASPNET e bibliotecas) não há problemas em utilizar em diverentes versoes. Vocês podem usar o próprio Team Foundation Server ou GIT
Por favor, lembre-se de “Marcar como Resposta” as respostas que resolveram o seu problema. Essa é uma maneira comum de reconhecer aqueles que o ajudaram e fazer com que seja mais fácil para os outros visitantes encontrarem a resolução mais tarde.