Olá João,
A loja não fara isso para você. Não se sugere fazer uma atualização de código direto em produção por diversas razoes. A decisão de colocar o seu App em produção é sua, pois só você sabe quando a sua aplicação está pronta, testada, sem
BUG e etc. A “melhor pratica” sugerida é de sempre submeter a sua aplicação atualizada como uma nova versão, disponibiliza-la em “Beta test”, acompanhar os “feedback” dos seus usuários. Uma vez seguros de nenhum problema, move-la para produção.
Para maiores detalhes visite “Beta testing your app and in-app products”. Lá voce vai encontra todos os passos em detalhes.
A outra opção é claro seria publicar a sua aplicação “overriding” a existente.
Espero ter ajudado.
Boa sorte,
Veiga