Olá Rogério , boa noite.
Alguns pontos que podem interferir nessa questão, são:
1 - Geralmente para carregar dados duplicados no banco de dados published, essa situação ocorre durante o processo de migração da versão 2007 para a 2010.
Conforme o procedimento descrito pela Microsoft descrito abaixo.
http://technet.microsoft.com/en-us/library/ee662500.aspx
2 - Um outro ponto também que pode ser verificado é a questão do espelhamento de banco de dados.
Antes de configurar o espelhamento do SQL Server para garantir que todas as contas de banco de dados de acesso que são usados pelo SharePoint Server ou Project Server os dados são duplicados na instância do SQL Server onde você planeja implantar bancos
de dados espelhados.
Referência Microsoft:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/ff872145.aspx
3 - Verifique também se esta dificuldade está ocorrendo apenas com alguns cronogramas realize o backup e tente verificar publicando novamente os projetos ou criando os cronogras do zero com base no project professional 2010 utilizado no seu ambiente.
4 - Checar a questão das quantidades de versões dos cronogramas que estão sendo geradas utilizando as Configurações do Servidor - Administração do Banco de Dados - Backup Diário do Cronograma.
Espero ter ajudado.
Hezequias Vasconcelos
