Achei o item que eu tava procurando para poder desabilitar a caixa do window.
Set Configuracao = CreateObject("CAPICOM.Settings")
Configuracao.EnablePromptForCertificateUI = false.
Porem agora ela gera o seguinte erro.
The UI has been disabled but the component is not able to proceed without futher information from user - 80880901
Se alguem tiver alguma sugestao!
Marcondes