Bom dia Cristiano,
Não há diferença. double é apenas um alias para System.Double em C #.
Note que VB.NET não tem o mesmo aliasing (int para System.Int32, double para System.Double, etc), então o aliasing é apenas aplicável a C #, não .NET como um todo.
Veja mais detalhes em:
https://docs.microsoft.com/pt-br/dotnet/api/system.double?redirectedfrom=MSDN&view=netframework-4.8
Abraços
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