Amigo,
Se você precisa fazer uma versão 100% voltada para mobile que seria uma nova interface, novos scripts e talvez novas funcionalidades ai sim vale apena pensar em utilizar JQuery Mobile e talvez HTML5, mas você precisa sentar com a pessoa que vai criar a interface
e toda a ideia antes de começar a produzir. Agora se você tem o site pronto e precisa que ele funcione em MOBILE...ai você precisa montar um código limpo, sem muitos scripts absurdos, um CSS bem legal e sem gambiarra e validar ele pelo menos parcialmente na
W3C(http://validator.w3.org/).
Espero ter ajudado!
Boa sorte!
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"A diversão é a alma do negócio"