Cara, faz o seguinte, pesquise no forum no OpenNetCF :
http://www.opennetcf.org/forums/search.asp
Lá tem bastante dicas, além do próprio SmartDeviceFramework, que implementa bastante funcionaldiades interessantes com APIs nativas, estou deduzindo que voce pretende bloquear o dispositivo de modo que o usuário consiga utilizar somente essa aplicação.
Respondendo a sua pergunta, com outra pergunta, voce quer que a sua aplicação inicie após un soft/hardware reset, ou após a Tela ser ativada, pois o Windows Mobile não desliga, ele está sempre ligado, no máximo, a tela e o processamento param.
Abraços
Julio Tsukamoto
